涉密文件的清退和销毁工作是涉密文件管理的重要环节。根据现行保密法律法规和有关规定，按照发文机关和文件密级不同，机关单位对收到的密件有清退和销毁两种处理方式。
文件的清退
《中共中央保密委员会办公室、国家保密局关于国家秘密载体保密管理的规定》第二十九条规定：“按照规定应当清退的秘密载体，应当及时如数清退，不得自行销毁。”按照有关文件管理规定，一些下发机关的层级较高、密级较高的文件由有关部门定期组织清退，统一销毁。如对中央文件的清退程序和要求有明确规定。针对其他文件，如制发机关有清退要求，也应按要求进行清退，不得擅自处理或销毁。负有组织清退销毁职责的部门应当建立健全文件清退和销毁制度，定期进行文件清退和销毁。清退涉密文件资料应当及时、彻底，并严格履行手续。
文件的销毁
除按照有关文件管理规定需要清退的文件，机关单位可以按照有关涉密载体销毁要求对收到的密件进行销毁。销毁涉密文件资料需要注意一下几点。
经过批准
销毁涉密文件资料应经过本机关、单位主管领导审核批准，严禁个人私自销毁涉密文件资料。
手续完备
销毁涉密文件资料应当履行清点、登记手续。
场所合格
销毁工作应当在保密工作部门指定的销毁单位进行，严禁涉密文件资料流入旧货市场、再生资源集散市场等场所。
保存记录
分发、领取、使用、清退、销毁涉密文件资料的原始纪录，应长期保存备查，不得随涉密文件资料一同销毁。